In unmittelbarer Nähe des Regensburger Hauptbahnhofs wurde ein modernes Betriebswerk errichtet. Zwei Hallengleise, von denen eines mit einer Dacharbeitsbühne sowie einer Arbeitsgrube von je etwa 75 Meter Länge ausgestattet ist, stehen für die Instandhaltung und Reparatur der insgesamt 26 Triebfahrzeuge zur Verfügung. Um einen reibungslosen Betrieb zu ermöglichen, wurden zudem eine Außenreinigungsanlage sowie ein Verwaltungsanbau errichtet. Im Dezember 2011 hat die agilis zudem die Strecke Ingolstadt – Ulm erfolgreich in Betrieb genommen.
Bereits im Juni 2011 ist die agilis Verkehrsgesellschaft mbH & Co. KG (agilis V KG), eine hundertprozentige Tochter von BeNEX, in Oberfranken gestartet. Im dortigen Dieselnetz – auf den Strecken rund um Bamberg, Bayreuth, Coburg, Hof, Lichtenfels und Marktredwitz – kommen 38 Triebfahrzeuge vom Typ Regio-Shuttle RS1 zum Einsatz. Mit 101 Sitzplätzen pro RS1 ist die Fahrzeugflotte optimal auf die Erfordernisse der Schülerverkehre in der Region angepasst. Die Fahrzeugwerkstatt für das Dieselnetz Oberfranken liegt in Marktredwitz.